Водохранилища приводят к затруднению стока грунтовых вод, снижению природной дренированности и подтоплению территорий, что нарушает в них структуру и состав биогеоценозов, вызывает эвтрофирование и ухудшает их санитарное состояние.
Затопление и подтопление значительных площадей плодородных и застроенных земель и связанные с ним заболачивание и засоление поверхностных и подземных вод и пород зоны аэрации и почв ведут к их деградации и изъятию из сельскохозяйственного использования. Потери на 1987 г. (СССР) составляли приблизительно 100 тыс. га продуктивной земли в год, а всего на 1986 г. в результате строительства ГЭС и гидромелиорации утрачено 100 млн га земли — по площади территория Франции. При строительстве Братской ГЭС и водохранилища не успели вырубить лес (тайга), в результате под воду ушло 40 млн м3 древесины, она медленно гниет, загрязняет воду, суда не могут подойти к некоторым участкам берега – днища задевают за верхушки затопленных деревьев. Снижается проточность воды, что уменьшает самоочищающуюся способность и биопродуктивность водоема. Теряется земля, происходят моральные, исторические, этнические, культурные, экономические потери.