Есть два вида вакуолей - пищеварительные и сократительные. Первые заполнены клеточным соком и участвуют в пищеварении, а вторые отвечают за вывод из клетки лишней воды и отходов жизнедеятельности. Как правило, сократительные вакуоли есть в организмах одноклеточных животных (протистов).
Также вакуоли способны накапливать в себе запасные вещества или изолировать ядовидые от других органоидов клетки.