Ну, во-первых, в природе нет положительных или отрицательных, а все эти дележки - только по отношению к человеку и его хозяйственной деятельности или здоровью. Так вот, положительная для здоровья человека деятельность кишечных бактерий-симбионтов, переваривающих растительную клетчатку (бифидобактерии, например) . В хозяйственной деятельности человек разводит бактерий не только для получения кисломолочных продуктов, но и квашение капусты - это тоже бактериальный процесс, в Европе сейчас получают биогаз, путем сбраживания навоза за счет деятельности метанообразующих бактер