Только верхнее течение реки, где происходит слияние Сены с Йонной, оказывается под влиянием накопления снега, мелководья приходятся на сентябрь, а больше всего половодий в январе. Случайные паводки вызваны океаническими ливнями. Самый знаменитый паводок произошел в Париже 28 января. Наиболее низкие парижские кварталы, в том числе Сен-Лазар, были захвачены водой. Наводнения 1955 года являются причиной принятия решения строить большие водоемы для паводков на Сене и Марне. Водоемы "Сена" (озеро восточного леса) и "Рассвет" (озеро Храма), между Бриен-ле-Шато, Бар-сюр-Сен и Труа, положенные в 1966 и 1990, задерживают 205 млн м3 и 170 млн м3 соответственно. Водоем "Марна" (озеро Дер Шантекок), рядом с Сен-Дизье, положенный в 1974 году, задерживает 350 млн м3. Это спосбствует лучшему водоснабжению парижского округа.