Основные горообразовательные процессы, в результате которых возникли Кордильеры, начались в Северной Америке в юрском периоде, в Южной — в конце мелового и проходили в тесной связи с образованием горных систем на других материках (Альпийская складчатость) . Формирование Кордильер ещё не закончилось, о чём свидетельствуют частые землетрясения и интенсивный вулканизм (более 80 действующих вулканов) . Важную роль в формировании рельефа Кордильер сыграло также четвертичное оледенение, особенно к северу от 44° с. ш. и к югу от 40° ю. ш.