Почти не отличаются. Грубо говоря - логически раздел это просто искуственно поделенный диск.
Для операционной системы не имеет значения, где располагаются данные - на лазерном диске, в разделе жёсткого диска, или во флеш-памяти. У меня стоит Windows 8 на логическом разделе диска.