Можно рассмотреть с двух сторон-
1) Чисто филологически это одно и тоже понятие, просто по разному обозванное, то есть купец, торговец, предприниматель и т.д. это все представители торговли.
2) А если взять обширнее, то у купца меньше обязанностей и свобод, чем у предпринимателя, то есть купец, находиться под чьим-то управлением, а предприниматели зачастую индивидуальны.
Вот так)