Архей - эра прокариот: бактерий и цианобактерий. Осадочные породы подтверждают их наличие в этой эре. Цианобактерии свидетельствуют о фотосинтезе и присутствии активного пигмента хлорофилла. В архее появляются первые эукариоты – одноклеточные водоросли (зеленые, желтозеленые, золотистые и др.) и простейшие. Среди них – жгутиковые эукариоты (эвгленовые, вольвоксовые), саркодовые (амебы, фораминиферы, радиолярии) и др. Начался процесс почвообразования. На границе между архейской и протерозойской эрами появились половой процесс и многоклеточность.