1)Река берет начало в Скалистых горахпри слиянии рек: Джефферсон, Галлатин и Мадисон. Самый длинный исток начинается из ручья Брауэр на западном склоне горы Джефферсон( 2750 м над уровнем моря).Соответственно характер течения Миссури-горный.2)Питание реки в основном снеговое(таяния снегов скалистых гор) и дождевое.Режим Миссури характеризуется весенне-летним половодьем, а также дождевыми паводками.