По способу питания бактерии делятся на две группы: автотрофов и гетеротрофоф. К первым относятся фотосинтезирующие бактерии (хламидомонада, зелёная эвглена и т.д) и хемосинтезирующие бактерии (молочно-кислые, железобактерии и т.д). Первые образуют энергию также, как и растения, т.е фотосинтезируют, создают органические вещества из углекислого газа и воды под действием света. Вторые создают органические вещества из неорганических.
К гетеротрофам относятся бактерии, не способные создавать себе органические вещества, они питаются готовыми органическими веществами: другими бактериями (теми же автотрофами, например), остатками жизнедеятельности других организом и прочим. К гетеротрофным бактериям относят инфузорию-туфельку, клубеньковые бактерии и проч.