Первыми действиями нового царя были возвраты из ссылок многочисленных князей и бояр, которые были сосланы Борисом и Фёдором Годуновыми. Государственным служащим было поднято жалование, а помещикам – увеличены земельные наделы. Это делалось за счёт конфискаций земли и денег у монастырей. На юге налоги были отменены, а в остальной части страны – увеличены. Был изменён состав Думы: теперь представители высшего духовенства присутствовали в ней в качестве обязательных членов, а сам орган отныне именовался сенатом. Ещё были учреждены новые должности, взятые из Польши: мечник, подчаший, подскарбий.
Постепенно в народе росло недовольство новым царем, потому что он начал строить католические костелы в Москве, вводил "иноземные шутовские забавы", отменил последобеденный сон. Кроме того, он устроил свадьбу с Мариной Мнишек по католическому обряду. Это подтолкнуло народ к бунту, который возглавил Василий Шуйский. Произошло событие 17 мая 1606 года. Сначала Шуйский призвал народ спасти царя от поляков, а затем направил толпу на "злого еретика", попирающего русские обычаи. Пользуясь всеобщей суматохой, заговорщики взяли штурмом дворец, в котором находился Лжедмитрий, и убили его. После смерти его положили посреди рынка, где на его тело сыпали песок и мазали дёгтем.