Жил-был «просвещённый, умеренно либеральный» пескарь. Умные родители, умирая, завещали ему жить, глядя в оба. Пескарь понял, что ему отовсюду грозит беда: от больших рыб, от соседей-пескарей, от человека (его собственный отец однажды едва не был сварен в ухе). Пескарь построил себе нору, куда никто, кроме него, не помещался, ночью выплывал за едой, а днём «дрожал» в норе, недосыпал, недоедал, но изо всех сил берёг свою жизнь. Пескарю снится сон о выигрышном билете в 200 тысяч. Его подстерегают раки, щуки, но он избегает смерти.
У пескаря нет семьи: «самому бы прожить». «И прожил премудрый пескарь таким родом с лишком сто лет. Все дрожал, все дрожал. Ни друзей у него, ни родных; ни он к кому, ни к нему кто. В карты не играет, вина не пьёт, табаку не курит, за красными девушками не гоняется — только дрожит да одну думу думает: «Слава богу! кажется, жив!» Даже щуки хвалят пескаря за спокойное поведение, надеясь, что он расслабится и они его съедят. Пескарь не поддаётся ни на какие провокации.
Пескарь прожил сто лет. Размышляя над щучьими словами, он понимает, что, если бы все жили как он, пескари бы перевелись (нельзя жить в норе, а не в родной стихии; нужно нормально есть, иметь семью, общаться с соседями). Жизнь же, которую ведёт он, способствует вырождению. Он относится к «бесполезным пескарям». «Никому от них ни тепло, ни холодно, никому ни чести, ни бесчестия, ни славы, ни бесславия... живут, даром место занимают да корм едят». Пескарь решает раз в жизни вылезти из норы и нормально проплыть по реке, но пугается. Даже умирая, пескарь дрожит. Никому до него нет дела, никто не спрашивает его совета, как прожить сто лет, никто не называет его премудрым, а скорее «остолопом» и «постылым». В конце концов пескарь исчезает неизвестно куда: ведь он не нужен даже щукам, хворый, умирающий, да ещё и премудрый.