(1) Берг сидел на подножке вагона, жадно дыша (обособляется обстоятельство, выраженное деепричастным оборотом) , (2- запятая также разделяет вторую часть предложения в составе сложного) и изредка ему даже казалось, (запятая отделяет придаточное изъяснительное от главного) что он дышит не воздухом, а (противительный противопоставляет однородные дополнения) удивительным солнечным светом