Потому что на остальную водную поверхность действует атмосферное давление.
На воду в стакане атмосфера не давит, вода защищена стенками стакана.
вытаскивая перевернутый стакан из воды в него попадает воздух, соответственно меняется давление и вода выливается
Потому что давление не меняется. А когда достаешь стакан из воды полностью - в стакан попадает воздух и оно соответственно меняется.