Русская православная церковь сыграла отрицательную роль в преодолении последствий смуты, внося раскол в общество, призывая свободных крестьян свергнуть царя. В последние годы смуты, церковь активно помогала польским интервентам, а так же попыталась возвести на престол своего кондидата, но, после нескольких политических поражений, в числе которых казнь митрополита церкви, царю удалось вернуть влияние на крестьян, являвшихся в то время одной из самых весомых политических сил. После чего последовали массовые казни смутьянов-священников, в основном через утопление, что было ошибкой, так как среди малообразованного населения, христианство почиталось, быть христианином в те темные времена считалось правильным, в результате церковь вновь стала причиной массовых восстаний на дальнем востоке страны. В целом, православня церковь всю свою историю служила помехой духовно-интеллектуальному развитию народных масс, поддерживая противоречивые начинания, например, одновременно выражалась активная поддержка крепостного права, например, Святой Игнатий Брянчанинов и за два года до отмены крепостного права в России считал своим пастырыским долгом апологию рабства: «рабство, как крепостная зависимость крестьян от помещиков, вполне законно и, как богоучрежденное, должно быть всегда, хотя в различных формах» (Труды Ставропольской ученой архивной комиссии, учрежденной в 1906 г.» , с другой стороны церковь активно боролась с попытками молодого русского государства отстоять свою независимость, агитируя народ сражаться на стороне смутьянов и инородных захватчиков.