Слово "вынуть" приводят как пример единственного в русском языке слова без корня. Когда-то в этом слове корень был, но утратился вследствие исторических преобразований.
В составе древнерусского корня этого слова был, предположительно, исчезнувший сегодня носовой гласный, рефлексы которого в современном русском языке - у и им (сейчас здесь вычленяются приставка - вы, суффикс -ну, окончание или суффикс (в школьной практике - окончание) - ть) .