На атмосферу: животные потребляют кислород, выдыхают углекислый газ. Растения усваивают углекислый газ, выделяя кислород. Анаэробные бактерии выделяют метан (болотный газ, метеоризм) - тоже в атмосферу.
На гидросферу: мы пьём воду, потом отливаем.. .
На литосферу: ряд минералов имеет биогенное происхождение, наиболее известные примеры - мел и кораллы (они состоят из кальция, аккумулированного живыми организмами) . Опять же - каменный уголь.