Знаки препинания правильно расставлены, но я бы перестроила некоторые предложения:
Его первый самостоятельный ремонт, был ремонт двигателя, на автомобиле «Нива». Я бы это предложение немного перестроила:
Свой первый ремонт он сделал на автомобиле "Нива"
Когда у меня каникулы я езжу с папой помогать ему в работе. На каникулах я езжу помогать папе в работе
Во время летних каникул, работая с ним я научился ремонтировать некоторые части машины.
Работая с ним во время летних каникул, я научился ремонтировать некоторые детали машин.
Но балует нас этим блюдом не часто. (нечасто слитно с НЕ пишется).