Борис Годунов покровительствовал талантливым строителям и архитекторам. С размахом осуществлялось церковное и городское строительство. По инициативе Годунова началось строительство крепостей в Диком поле — степной окраине Руси. В 1585 году была построена крепость Воронеж, в 1586 — Ливны. Для обеспечения безопасности водного пути от Казани до Астрахани строились города на Волге — Самара (1586), Царицын (1589), Саратов (1590). В 1592 году был восстановлен город Елец. На Донце в 1596 году был построен город Белгород, южнее в 1600 году был выстроен Царёв-Борисов. Началось заселение и освоение опустевших во время ига земель к югу от Рязани (территория нынешней Липецкой области) . В Сибири в 1604 году был заложен город Томск.
В период с 1596 по 1602 годы было построено одно из самых грандиозных архитектурных сооружений допетровской Руси — Смоленская крепостная стена, которую впоследствии стали называть «каменным ожерельем Земли русской» . Крепость была построена по инициативе Годунова для защиты западных рубежей России от Польши.