В каждой молекуле аминокислоты присутствует атом углерода, связанный с четырьмя заместителями. Один из них — атом водорода, второй — карбоксильная группа — СООН. От карбоксильной группы легко отделяется ион водорода Н+, благодаря чему в названии аминокислот и присутствует слово «кислота». Третий заместитель — аминогруппа — NH2. Четвертый элемент аминокислоты — группа атомов, которую в общем случае обозначают R. У всех аминокислот R-группы разные, и каждая из них играет свою, очень важную роль. R-группа также называется боковая цепь.Общую формулу аминокислоты в нейтральной среде (ph=7) можно записать как NH2+CHRCOO–Что же касается группы — СООН, то химики-органики относятся к ней с большим почтением: всем другим атомам углерода в молекуле даются обозначения в зависимости от степени их удалённости от карбоксильной группы. Ближайший к ней атом именуют альфа-атомом, второй — бета-атомом, и т.д. Атом углерода в аминокислотах, который находится ближе всех к карбоксильной группе, т. е. альфа-атом, связан также с аминогруппой, поэтому природные аминокислоты, входящие в состав белка, называют альфа-аминокислотами.В природе встречаются также аминокислоты, в которых NH2-группа связана с более отдалёнными от карбоксильной группы атомами углерода. Однако для построения белков природа выбрала именно альфа-аминокислоты. Это обусловлено прежде всего тем, что только альфа-аминокислоты, соединённые в длинные цепи, способны обеспечить достаточную прочность и устойчивость структуры больших белковых молекул.Число альфа-аминокислот, различающихся R-группой, велико. Но чаще других в белках встречается всего 20 разных аминокислот. Их можно рассматривать как алфавит «языка» белковой молекулы. Химики называют эти главные аминокислоты стандартными, основными или нормальными. Условно основные аминокислоты делят на четыре класса.Первый класс аминокислот - аминокислоты с неполярными боковыми цепями.Второй — аминокислоты, содержащие полярную группу.Следующие два класса составляют аминокислоты с боковыми цепями, которые могут заряжаться положительно (они объединяются в третий класс) или отрицательно (четвёртый). Например, диссоциация карбоксильной группы даёт анион — СОО-, а протонирование атома азота — катион, например —NH3+. Боковые цепи аспарагиновой и глютаминовой кислот имеют ещё по одной карбоксильной группе —СООН, которая при значениях рН, характерных для живой клетки (рН = 7), расстаётся с ионом водорода (Н+) и приобретает отрицательный заряд. Боковые цепи аминокислот лизина, аргинина и гистидина заряжены положительно, поскольку у них есть атомы азота, которые, наоборот, могут ион водорода присоединять.