Лично я считаю, что вероятность того, что духовная власть в России подчинилась бы светской в 17 веке была очень мала.
Отмечу тот факт, что духовная власть на Руси была тесна связана со светской. Однако ни Никон, ни какой-нибудь другой патриарх не смогли бы подчинить себе всю полноту власти. Алексей Михайлович (царь при Никоне) естественно хотел сохранить свою власть, управлять страной. И Никон просто никак не смог бы его заменить.
Поэтому Алексей Михайлович совершенно логично поступил, когда сослал Никона в монастырь, за то что тот хотел потеснить светскую власть и править самостоятельно.