Система органов объединяет органы в группы анатомически, они имеют одинаковое происхождение и выполняют одну общую функцию. (например система органов пищеварения).
А некоторые органы объединяются в аппарат, они имеют разное строение и происхождение, могут не быть связаны между собой анатомически, но их объединяет общая функция.(например, опорно-двигательный аппарат).