Самые глубокие озёра мира имеют тектоническое происхождение. Но в их образовании участвуют(участвовали) вогнутые складки, разломы земной коры.
Также, озёра могут быть вулканическими(образованные в кратаре вулкана).
Ну и примеры самых глубоких озер Байкал, Каспийское море-озеро, Большое Невольничье озеро.