1) Читая, я время от времени поглядывала на светлый квадрат солнца, падавший на лестницу и казавшийся мне ослепительным из глубины темноватого склада.
* Первая запятая - обособление деепричастия читая.
* Вторая запятая - обособление причастных оборотов, стоящих после определяемого слова (квадрат - определяемое слово, то, что после запятой - причастные обороты).
* Перед и запятая не нужна, так как и стоит между двумя однородными определениями.
2) Значительных успехов в 15 веке достигала анатомия, хорошее знание которой было абсолютно необходимо, как и наличие художественного мышления у итальянских мастеров.
* Имеем сложное предложение: две грамматические основы ([достигала анатомия], (знание которой было необходимо)). Первая запятая отделяет части сложного предложения.
* Вторая запятая. Запятая ставится всегда перед союзом как и.
3) Часто скромность принимается за слабость и нерешительность, но когда опыт докажет людям, что они ошиблись, то скромность придает новую прелесть и уважение характеру. [тут у вас была пропущена запятая!]
* Перед первым и запятая не нужна: союз одиночный, стоит между однородными членами слабость и нерешительность.
* Перед вторым и аналогично: там однородные дополнения прелесть и уважение.
* Все имеющиеся запятые отделяют части сложного предложения:
[скромность принимается], но (когда опыт докажет), (что они ошиблись), то [скромность придает].