Ну, во-первых, так как они изолированы, то их генофонды не перемешиваются и никак не сливаются, а значит, в каждой из них возникает свой собственный под воздействитем случайных соединений генов. Так же, если у них несколько различный ареал обитания, то могут измениться и фенотипические признаки - всё, что относится к внешнему виду и анатомическому строению.