При Алексее впервые был созван Земский собор в 1649 году, который стал основным законодательным органом на протяжении двух веков.
Церковная власть при Алексее стала постепенно откалываться в оппозицию под натиском светских дворян и бояр, которые не намерены были мириться с господством церковников.
Менялась судебная система, которая перешла полностью в руки приказов.
При Алексее впервые была создана тайная полиция в лице приказа тайных дел.