Межмолекулярная водородная связь обычно образуется между и электроотрицательным атомом и водородом (H),связанным ковалентно с другим электроотрицательным атомом. Электроотрицательными атомами могут быть азот (N), кислород (O), фтор (F).
Водородная связь возникает между молекулами воды (H₂O), благодаря водородной связи образуется гидродифторид-ион (HF₂⁻), который входит в состав солей - гидрофторидов (КНF₂ - гидродифторид калия, NH₄HF₂ - гидродифторид аммония).