У трактирі «Адмірал Бенбоу», розташованому неподалік від англійського міста Брістоль, поселяється таємничий незнайомець - огрядний літній чоловік з шабельним шрамом на щоці. Його звуть Біллі Бонс. Грубий і неприборканий, він у той же час явно когось боїться і навіть просить сина господарів трактиру Джима Хокінса стежити, чи не з'явиться в окрузі моряк на дерев'яній нозі.
Нарешті ті, від кого Біллі Бонс ховається, знаходять його: першого сорту непроханого гостя, чоловіка з блідим, землистим особою звуть Чорний Пес. Між Біллі Бонсом і Чорним Псом спалахує сварка, і Чорний Пес, поранений в плече, рятується втечею. Від пережитого хвилювання з Біллі Бонсом трапляється апоплексичного удару. Прикутий на кілька днів до ліжка, він визнається Джиму, що служив штурманом у покійного капітана Флінта - уславленого пірата, чиє ім'я ще недавно наводило жах на мореплавців. Старий штурман боїться, що його колишні спільники, які полюють за вмістом його матроського скрині, пришлють йому чорну мітку - знак піратського попередження.
Так і відбувається. Її приносить відразливого вигляду сліпець на ім'я П'ю. Коли той іде, Біллі Бонс збирається бігти, але його хворе серце не витримує, і він помирає. Розуміючи, що в таверну скоро повинні нагрянути морські розбійники, Джим з матір'ю посилають односельців за допомогою, а самі повертаються, щоб взяти з скрині померлого пірата належні їм за постій гроші. Разом з грошима Джим забирає зі скрині якийсь пакет.
Ледве юнак з матір'ю встигають покинути будинок, як з'являються пірати, яким не вдається знайти того, що вони шукають. По дорозі скачуть митні стражники, і розбійникам доводиться забратися геть. А сліпий П'ю, кинутий спільниками, потрапляє під копита коня.
У пакеті, який Джим віддає двом добропорядним джентльменам, докторові Лівсі і сквайрові (англійська дворянський титул) Трелоні, виявляється карту острова, де заховані скарби капітана Флінта. Джентльмени вирішують відправитися за ними, взявши Джима Хокінса юнгою на корабель. Пообіцявши доктора не присвячувати нікого в цілі майбутньої подорожі, сквайр Трелоні їде в Брістоль, щоб купити судно і найняти команду. Згодом з'ясовується, що сквайр не дотримав слова: все місто знає, куди і навіщо збирається плисти шхуна «Еспаньйола».
Набрана їм команда не подобається найнятому ним же капітану Смоллетту, якій здається, що матроси недостатньо надійні. Більшість з них були рекомендовані власником таверни «Підзорна труба» одноногим Джоном Сильвером. Сам колишній моряк, він наймається на корабель як кока. Незадовго до відплиття Джим зустрічає в його таверні Чорного Пса, який, побачивши юнака, тікає. Доктор і сквайр дізнаються про цей епізод, але не надають йому значення.
Все з'ясовується, коли «Еспаньйола» вже підпливає до Острова скарбів. Забрався у бочку з-під яблук Джим випадково чує розмову Сільвера з матросами, з якої дізнається, що більшість з них пірати, а їхній ватажок - одноногий кок, який був за у капітана Флінта. Їхній задум полягає в тому, щоб, виявивши скарби і доставивши їх на борт корабля, вбити всіх чесних людей на судні. Джим повідомляє друзям про почуте, і ті приймають подальший план дій.
Ледве шхуна кидає якір у острова, дисципліна на судні починає різко падати. Назріває бунт. Це суперечить задумом Сільвера, і капітан дає йому можливість втихомирити команду, поговоривши з матросами віч-на-віч. Капітан пропонує їм відпочити на березі, а перед заходом повернутися на корабель. Залишивши на шхуні спільників, пірати на чолі з Сильвером відправляються на шлюпках до острова. В одну з шлюпок, незрозуміло навіщо, стрибає Джим, який, втім, тікає, як тільки вона досягає землі. Блукаючи по острову, Джим зустрічає Бена Ганна - колишнього пірата, залишеного тут товаришами три роки тому. Він поплатився за те, що переконав їх зайнятися пошуками скарбів капітана Флінта, які виявилися безуспішними. Бен Ганн говорить, що швидше готовий допомагати природженим джентльменам, ніж джентльменам удачі, і просить Джима передати це друзям.