Могу только предполагать, почему произошли такие названия. Из семян произрастают растения, то есть если вы посадите семя в землю, то в семени в зачатке уже содержится вся информация о растении, все клетки и структуры, т.е. семя можно назвать зачаточным растением. А вот почка содержит зачаточное состояние листев, т.е. почка есть побег в миниатюре, зачаточный побег.