Свободомыслие имеет глубокое и древние корни в познавательной и практической деятельности человека, его обусловившие гносеологические и социальные факторы - овладение знаниями и силами природы, общественные протестные движения.
Уже в древних памятниках письменности, созданных на ранней стадии развития цивилизации, таких, как, например, шумерский новисть о страданиях невинного, египетская "Песнь арфиста", в индийских эпосах "Махабхары-и" и "Рамаяна" имеют место свидетельства широко распространенного в те времена стихийно-атеистического мировоззрения. Наблюдения природных явлений наводило на мысль, что они осуществляются без внешнего вмешательства, что вещи возникают благодаря действию природных сил или деятельности человека.
Отсутствие веских свидетельств приводило к сомнению, а то и до прямого отрицания существования загробного мира и бессмертия души. Существующая в мире несправедливость порождала критическое отношение к официальным культов и жрецов.
Свободомыслие как образ мышления связан с критикой религиозных верований возникает в Древней Индии, Китае, Греции параллельно с развитием философии, которая, в свою очередь, не удовлетворяется мифологическим объяснением мира и ищет для этого разумные, рациональные, логические основания.
В античной Греции, а затем в Риме, религия доминировала не только в духовной жизни, но и в общественной как государственный культ, посягательство на веру в богов воспринималось как покушение на существующий строй и образ жизни. Платон (427-347 до н.э.) убеждал, что атеисты хуже идолопоклонников-иноверцев, их существование недопустимо в любом обществе, поскольку разрушает его основы, ничто их не может удержать от "нечестивой дела" и "беззаконного слова". По Платону, атеизм - это общественная болезнь, источник смут, беззакония, безнравственности.
В античные времена преследовали всех, кто отрицал божества государственного культа или народные верования, не принимал участия в религиозных церемониях и обрядах. По обвинению в неверии в богов и "развратные молодежи" был осужден на смерть Сократ. Критий (V в. До н.э.) открыто заявил, что страх людей перед богами используется правителям, чтобы творить зло. Демокрит видел причину возникновения религиозных верований в страхах людей перед небесными явлениями - громом, молнией, солнечным затмением т.д..
В средневековье религия приобретает господствующей формы мировоззрения и идеологии. Церковные догмы стали исходными элементами мышления. Позиции религии и церкви взрывали только антиклерикальные и еретические движения. Уже в XIII в. развивается религиозный скептицизм Сигера Брабанського в виде учения о двойственной истине, то есть о том, что "истины разума", полученные усилиями самого человека, могут отличаться от "истинами веры", божьего откровения.