Фитопланктон пресноводных экосистем характеризуется четко выраженной сезонностью. В каждый сезон в водоеме преобладает одна или несколько групп водорослей, а в периоды интенсивного развития господствует нередко всего один вид. Так зимой подо льдом (особенно когда лед покрыт снегом) фитопланктон очень беден или почти отсутствует из-за недостатка света. Вегетационное развитие водорослей планктона как сообщества начинается в марте – апреле, когда уровень солнечного света становится достаточным для фотосинтеза водорослей даже подо льдом. В это время появляются довольно многочисленные мелкие жгутиковые – евгленовые, динофитовые, золотистые, а также холоднолюбивые диатомовые. В период вскрытия льда до установления температурной стратификации, что обычно бывает при прогреве верхнего слоя воды до 10–12C°, начинается бурное развитие холодолюбивого комплекса диатомовых водорослей. Летом, при температуре воды выше 15C°, наблюдается максимум продуктивности синезеленых, евгленовых и зеленых водорослей. В зависимости от трофического и лимнологического типа водоема в это время может происходить «цветение» воды, вызванное развитием синезеленых и зеленых водорослей.
Одной из существенных особенностей пресноводного фитопланктона является обилие в нем временно планктонных водорослей. Ряд видов, которые принято считать типично планктонными, в прудах и озерах имеют донную или перифитонную (прикрепленную к какому-либо предмету) фазу в своем развитии.