Николай Коперник родился 19 февраля 1473 года в польском городе Торуни в семье купца, приехавшего из Германии. Он был четвертым ребенком в семье. Начальное образование он получил, скорее всего в школе при костеле св. Яна. После смерти во время чумы Николая Коперника-отца заботы племяннике принял на себя Лукаш Ваченроде, брат матери.
Во второй половине октября 1491 года Николай Коперник вместе с братом Анджеем прибыл в Краков и записался на факультет искусств местного университета.
В 1496 году Николай вместе с братом Анджеем оказался в Болонье, входившей тогда в Папскую область и славившейся своим университетом. Николай записался на юридический факультет с отделениями гражданского и канонического, т. е. церковного, права. 9 марта 1497 года вместе с астрономом Доменико Марией Новара Николай провел свое первое научное наблюдение.
В 1498 году Николай Коперник был утвержден заочно в сане каноника Фромборкского капитула.
Затем Николай на короткое время возвращается в Польшу, но всего через год вновь отправляется в Италию, где изучает медицину в Падуан-ском университете и получает степень доктора богословия в университете Феррары. На родину Коперник вернулся в конце 1503 года всесторонне образованным человеком. Он поселился сначала в городе Лидзбарке, а затем занял должность каноника во Фромборке - рыбачьем городке в устье Вислы.