Напишу примеры предложений:
He said that he had bought very nice shoes. Здесь нужно делать согласование, так как в главном предложении используется Past Simple.
He said that the Earth revolves around the Sun. Здесь не нужно делать согласование, так как речь идёт о вещах, которые никогда не изменяться.
He asked me of I had eaten my breakfast. Это предложение передает вопрос, если мы хотим передать общий вопрос в косвенной, то нужно обязательно использовать if.