Размножение у кукушкиного льна происходит со сменой полового и бесполого поколений.Половое размножение начинается с формирования половых клеток:на верхушке мужских растений развивается антеридий,а на верхушках женских растений - архегоний. Оплодотворяются во время дождя или при сильной росе,когда сперматозоиды, активно двигаясь в воде, проникают к яйцеклеткам,образуя зиготу.Из зиготы образуется спорофит-коробочка,в которой после мейоза образуются споры. После созревания спор, коробочка раскрывается и споры высыпаются. Споры могут разносится ветром и в благоприятных условиях из них вырастают новое растение.