В 1259 г. умер великий хан Мункэ. Его смерть временно прервала завоевательный поход Хубилая в Южно-Сунскую империю. Хубилай пренебрег правилом «Ясы» Чингис-хана, по которому великий хан должен был избираться непременно на хуралах с обязательным участием всех членов царствующего дома. Хубилай собрал в 1260 г. в Кайпине своих приближенных, которые и провозгласили его великим ханом. Одновременно другая часть монгольской знати собралась в Каракоруме и возвела на трон младшего брата Хубилая — Аригбугу. В Монголии стало два великих хана. Между ними началась вооружённая борьба, закончившаяся через 4 года поражением Аригбуги. Великим ханом Монголии сделался Хубилай-каап. Но к этому времени Монгольская держава стала уже иной. От нее отпали западные улусы. Государство ильханов и Золотая Орда со времени воцарения Хубилая сделались фактически независимыми государствами. Не вмешиваясь в дела великого хана, они не позволяли и ему вмешиваться в их дела. Когда позже ханы трех западных улусов приняли ислам (на рубеже XIII и XIV вв.) , они даже номинально перестали признавать власть великого хана, ставшего для них «неверным» .
В XIV в. основная масса монголов, выселившихся в западные улусы, смешалась со староузбеками, кыпчаками, огузами и азербайджанцами и стала говорить на языках тюркской системы; только в Кайтаге, на западном берегу Каспийского моря, монгольский язык сохранился до XVII в. , а в Афганистане — до XIX в. Термин «татары» , который первоначально относился к монголам, стал означать тюркоязычных кочевников Золотой Орды. Вот почему с 60-х годов XIII в. история улусов Хулагуидов, Джучидов и Чагатаидов перестаёт быть историей Монгольской державы.