Река берёт начало на Восточно-Африканском плоскогорье и впадает в Средиземное море, образуя дельту. В верхнем течении принимает крупные притоки — Бахр-эль-Газаль (левый) и Ачва, Собат, Голубой Нил и Атбара (правые). Ниже устья правого притока Атбары Нил течёт по полупустыне, не имея притоков на протяжении последних 3000 км.