Метод моллекулярной гибридизации складывается в основном из четырех этапов:
подготовки анализируемого образца;
получения нужной олиго- или полинуклеотидной последовательности;
введения в зонд необходимой метки, с помощью которой будет регистрироватся наличие комплементарного комплекса зонда с образцом;
Определение гена или его фрагмента в исследуемом образце.