Метод моллекулярной гибридизации складывается в основном из четырех этапов: подготовки анализируемого образца; получения нужной олиго- или полинуклеотидной последовательности; введения в зонд необходимой метки, с помощью которой будет регистрироватся наличие комплементарного комплекса зонда с образцом; Определение гена или его фрагмента в исследуемом образце.