После распада СССР роль порта Санкт-Петербурга возросла, т. к. часть портов Балтики остались за пределами России.
Проблемы района связаны с появлением на его западных границах независимых государств Эстонии и Латвии. Потеря Россией большинства портов на Балтике, в том числе специально построенных операций (например, для импорта зерна был построен Новоталлинский порт), требует расширения пропускной способности существующих портов. (Петербургского и Выборгского). Разработаны планы создания нового крупного порта в Усть-Луге, на южном побережье Финского залива. Одно из главных проблем при этом -загрязнение Финского залива .Именно это мешает достройке дамбы, защищающий Санкт-Петербург от разрушительных наводнений.