Слово "смекалка" в современном русском языке словарное, написание его нужно запомнить.
Написание "е" в корне "смек" в совеременном русском языке можно объяснить только путем этимологического анализа. Слово "смекалка" связано исторически со словом, ушедшим из активного словарного запаса языка в 18 веке, - "мекать" - понимать, быстро догадываться, сооображать, - и с корнями "мек", "мет". В современном русском языке к данным корням восходят также слова "намек", прост. "сметливый", "кумекать", "невдомек".