Автор в повести поднимает не только тему «маленького человека» и социального неравенства, но и такую тему, как рок и обстоятельства, природа и человек, любовь-горе и любовь-счастье.
С голосом автора в частный сюжет повести входит тема большой истории отечества. Сопоставление исторического и частного делает повесть «Бедная Лиза» основополагающим литературным фактом, на базе которого впоследствии возникнет русский социально-психологический роман.