Жении своего пути вбирает в себя воды 230 речушек и ручьев.
В рыболовном отношении Пахра интересна тем, что в ней водятся самые крупные лещи, встречающиеся в бассейне Москвы-реки, видимо, благодаря наличию глубоких ям и ключей, бьющих из трещин известняков. Обилие выходов коренных пород в среднем течении благоприятно для голавля. По свидетельству Л. П. Сабанеева, в прошлом веке за право ловить рыбу в яме при слиянии Пахры и Москвы-реки взималась большая арендная плата. Подрядчик, получивший это право, в свою очередь брал плату с отдельных рыболовов, желавших ловить рыбу в этом месте. Видовой состав рыб в реке Пахра очень многообразен: карп, карась, сазан, лещ, подлещик, голавль, густера, щука, окунь, жерех и язь
Анализ современного экологического состояния рек Московской области свидетельствует об ухудшении качества воды в них. Загрязнение поверхностного стока влияет не только на открытые водоемы, но и связанные с ними подземные воды.