Оймякон имеет достаточно сложный тип климата. На климат влияет высокая широта села (приполярные широты) , очень большая удалённость от океана (резко континентальный климат) , нахождение на высоте более 700 м над уровнем моря (влияет высокая поясность) . Зимой в село стекается холодный воздух, так как оно находится в котловине.