Различают две главные формы строения кишечнополостных: сидячую (бентическую) — полип и плавающую (планктонную) — медузу. Тело полипа вытянуто в виде мешочка, обычно довольно узкого, на переднем конце которого имеются длинные, очень подвижные, способные к быстрым сокращениям щупальца, служащие для захвата добычи. Задним концом тела полип прикрепляется к какому-нибудь субстрату (к камням, растениям, другим животным и т.д.). Медузы по форме напоминают блюдечки, чашечки, зонтики и им подобные предметы, вогнутая сторона которых обращена книзу, а выпуклая — кверху. На основании изучения наружного и внутреннего строения кишечнополостных можно сделать вывод о плане строения этих животных. Полипов и медуз можно разделить вертикальными плоскостями, проходящими через центр тела, на сходные половины несколько раз. Это объясняется тем, что строение рассматриваемых животных еще мало дифференцировано и разные части их тела весьма похожи. Таким образом, для кишечнополостных характерна лучевая, или радиальная, симметрия тела, которая свидетельствует о сравнительной простоте организации. У более сложных по строению групп животных дифференциация на разные отделы тела прогрессирует и радиальное расположение органов постепенно исчезает.
Стенки тела состоят из двух слоев клеток: наружного и внутреннего, окружающего кишечную полость. У полипов между обоими слоями имеется уплотненная пластинка, у медузы — сильно развитая студневидная масса (мезоглея). В наружном слое кроме покровных клеток имеются очень характерные для кишечнополостных и ни у кого из других многоклеточных животных не встречающиеся стрекательные клетки. Каждая такая клетка имеет ядро, ряд органоидов и капсулу со спирально закрученной длинной, тонкой нитью, в основании которых могут быть расположены острые шипы, а спереди на клетке находится особый шип, воспринимающий раздражения от проплывающих в воде животных (рачков, других мелких беспозвоночных, а иногда и позвоночных). Стрекательные клетки различны: одни служат главным образом для опутывания жертв и их удержания, другие — для продырявливания покровов добычи при помощи упомянутых выше шипов, третьи — для отравления выделяемыми ими ядовитыми веществами пойманных животных.
Нервная система. У всех кишечнополостных имеются нервные клетки, развивающиеся главным образом в наружном слое, но имеющиеся в небольшом количестве и во внутреннем слое. Эти клетки, соединяясь друг с другом своими отростками, образуют очень примитивную нервную систему в виде сети. Таким образом, у кишечнополостных нет еще разделения нервной системы на центральный отдел, в котором сосредоточены нервные клетки, и периферический, т. е. нервов, образующихся из длинных отростков нервных клеток. Однако нужно отметить, что даже у некоторых полипов имеются скопления нервных клеток, а у медуз, ведущих более активный образ жизни, чем полипы, подобие нервных центров образуются или в виде кольца, или в виде скоплений в некоторых местах по краям зонтика. Благодаря наличию нервной системы, хотя и примитивной, кишечнополостные в отличие от губок быстро реагируют на разные раздражения, без чего был бы невозможен активный захват ими добычи, часто превосходящей их по своей величине.
У медуз в отличие от полипов есть глаза и органы, воспринимающие изменения положения тела в пространстве, — статоцисты. Глаза обычно имеют очень простое строение и состоят из клеток, содержащих черный или бурый пигмент и поглощающих лучи, и чувствительных клеток, передающих дальше световые раздражения отросткам нервных клеток. У некоторых медуз (главным образом у больших) глаза устроены сложней и могут иметь подобие хрусталика, собирающего лучи. Статоцист представляет собой округлый мешочек, наполненный жидкостью, на стенках которого находятся чувствительные клетки, а в середину вдается клетка с твердыми тельцами из углекислой извести — статолитами. При изменении положения тела медузы в пространстве клетка со статолитами меняет свое положение, что воспринимается чувствительными клетками и передается ими в нервную систему. Из последней идут импульсы к эпителиально-мышечным клеткам, которые своими сокращениями обеспечивают нужное в данных условиях положение тела.