Два раза в год: весной и осенью, наблюдается гомотермия - это когда во всей толще воды устанавливается однородная температура (+4 градуса С).
Самый высокий сезонный уровень воды в Байкале бывает в августе - сентябре, а самый низкий - в марте - апреле (разница до 1 метра). Происходят долговременные и кратковременные изменения уровня воды. Первые - плавные, приточно-сточные, при которых он снижается или повышается равномерно во всем озере, по климатическим или геологическим причинам. Вторые - резкие, связаны с колебаниями атмосферного давления, ветром, с изменением плотности и температуры воды. При изменении уровня воды у одного берега, он изменяется и у противоположного берега. Уровень, стремясь прийти в исходное, равновесное положение, рождает колебания, охватывающие всю водную акваторию - сейши.
Степень волнения для разных участков озера определяется направлением берегов, их положением по отношению к ветру, а высота волны зависит от длительности действия воздушных масс и длины разгона. На Байкале особенной устойчивостью отличаются осенние волнения, с максимальной высотой от 4 до 6,5 м. Характерно образование сложного возмущения водной поверхности - толчеи, возникающего при столкновении двух противоположных по направлению волнений.