Для изучения строения и жизнедеятельности клеток применяют самые разнообразные методы. Исторически первым таким методом стала световая микроскопия. Световая микроскопия основана на том, что через прозрачный или полупрозрачный объект исследования проходят лучи света, попадающие затем в систему линз объектива и окуляра (рис. ). Эти линзы увеличивают объект исследований. С помощью световых микроскопов была открыта клетка и некоторые ее структуры (пластиды, митохондрии, оболочка, вакуоли, комплекс Гольджи, клеточный центр). Но многие клеточные структуры или детали их строения невозможно было рассмотреть из-за их прозрачности. Поэтому были разработаны специальные методы фиксации и окрашивания, позволяющие получить препараты, на которых хорошо видны окрашенные структуры клетки (рис. ).
Световые микроскопы широко применяются и в настоящее время, однако с их помощью невозможно изучать объекты, размер которых меньше половины длины световой волны. Длина световых волн видимой части спектра света составляет 400—700 нм. Дело в том, что световая волна не может быть отражена очень маленьким предметом, она просто обогнет его. Поэтому у физиков возникла идея использовать вместо луча света пучок электронов, длина волны которых значительно меньше длины волны света, и они способны отражаться от мельчайших объектов. Так, в начале 30-х годов XX в. был создан электронный микроскоп, который дал биологам возможность увидеть составные части клеток размером всего 0,1 нм. В электронном микроскопе видны биологические мембраны (толщина 6—10 нм), рибосомы (диаметр около 20 нм) и другие структуры клетки.