В первой половине XVI в. Реформация распространилась в Англии, в Шотландии, в Скандинавских странах. Она проникла во Францию, Польшу и Венгрию. Католическая церковь терпеть такую ситуацию долго не могла, поэтому она перешла в наступление на реформационное движение. Одним из основных механизмов борьбы были соборы. Папа в 1545 г. созывает Тридентский собор, который заседал, с перерывами, до 1563 г. Этот собор провел некоторые реформы, его решения имели довольно значительные последствия. Тридентский собор запретил плюрализм, т.е. сосредоточение в одних руках нескольких церковных бенефициев, и абсентеизм — получение доходов с церковных должностей лицами, которые не исполняют эти должности. Был несколько сокращен аппарат папской курии. На последнем заседании собора взяли верх «ультрамонтане», наиболее реакционные прелаты-иезуиты, выступившие против любых изменений в догматике, требовавшие запретить чтение Библии на национальных языках и возврата к Библии на латинском языке (Вульгате), выступившие против изменений в организации католической церкви. Под их влиянием собор подтвердил все догматы католицизма, в том числе и принцип папского верховенства.Но попытки вернуть курии прежнее господство над епископатом и светскими властями встретили сопротивление ряда католических государей и закончились полным провалом. Используя решения собора и опираясь на иезуитов, папство на какое-то время смогло упрочить свое положение, укрепить церковную организацию и сохранить позиции католицизма даже в тех странах, где прежде имела успех Реформация. В самом Риме был создан инквизиционный трибунал, который возглавил борьбу с ересями в католическом мире. Жертвами этого трибунала стали очень многие инаковерующие и инакомыслящие.По решению Тридентского собора был составлен «Индекс запрещенных книг», в который попали сочинения многих европейских гуманистов (в частности, «Гаргантюа и Пантагрюэль» Франсуа Рабле).
Создается боевой орден католической реакции, орден иезуитов. Основателем этого ордена был Игнатий Лойола (1491-1556) — воинственный испанский идальго, получивший тяжелое ранение на поле битвы, лишившее его возможности продолжать военную карьеру. После ранения Лойола решил посвятить себя служению Иисусу и, в частности, борьбе с ересями. Изучать богословие он отправился в Сорбонну, где какое-то время спустя создает «Общество Иисуса». В 1540 г. папа утверждает устав нового ордена и берет его под свое покровительство. Иезуиты давали 4-й обет монашества: сугубое послушание папе. Благодаря иезуитам в католической церкви распространился обычай тайной исповеди. Орден иезуитов получает строго организованное устройство. Его генерал (первым генералом был Игнатий Лойола) вместе с совещательным органом — советом ордена — жил в Риме, руководя оттуда «провинциями ордена». Иезуиты раскинули свои сети по всему миру, включая не только католические окраины Европы, но и некатолические, и даже не христианские страны.В отличие от других монашеских орденов, члены ордена иезуитов жили в миру и вели светский образ жизни, выступая в роли политиков, дипломатов, придворных, воспитателей, врачей и т.п. Ради торжества дела Христова они выполняли задания ордена, руководствуясь знаменитым принципом «цель оправдывает средства».В своей деятельности они пользовались любыми средствами — лестью, ядом, интригами, клеветой, заговорами и убийствами. Отпущение грехов им было обеспечено заранее.
Действия иезуитов, их склонность к заговорам и дворцовым интригам нередко вызывали соответствующую реакцию — они часто изгонялись из той или иной страны. В 1773 г. орден был закрыт, но в 1814 г. возобновил свою деятельность и действует до сих пор.Слово «иезуит» давно приобрело нарицальное значение: с ним ассоциируется коварство, предательство и т.п.
Католическая Контрреформация имела определенный успех, на некоторое время ей удалось упрочить пошатнувшийся в очередной раз папский престол и укрепить силы папства и католицизма.