Принятие Конституции Российской Федерации в 1993 г. стало логичным завершением политико-трансформационного этапа и началом нового этапа –конституционно-договорного.
Во время второго этапа развитие федеративных отношений носило конституционно-договорной характер. В рамках конституционно-договорного этапа происходила дальнейшая суверенизация республик и других субъектов федерации и регионализация российского государства, сопровождающиеся возрастанием проблем, характерных для конституционно-договорных федераций. В это время шел процесс обострения политической ситуации в Российской Федерации. В политическом процессе значимую роль приобретала конфедеративная составляющая.
Принятие Конституции РФ в 1993 г. обозначило рамки для взаимоотношений федерального центра и органов власти субъектов РФ. Кроме того, в статье 5 пункте 1 Конституции отмечается, что все субъекты РФ равноправны. Добавление данного положения было продиктовано необходимостью не допустить повторения ситуаций, подобных истории с Уральской республикой, в других регионах. Однако законодательное регулирование взаимодействия федеральных и региональных органов государственной власти было несовершенным. Так, для стабилизации ситуации в стране все еще слабый федеральный центр вынужден был пойти на уступки наиболее влиятельным в политическом смысле регионам РФ. Регионам было позволено самим выбирать губернаторов и самостоятельно решать многие внутренние вопросы, а также выстраивать взаимодействия с федеральной властью.