В сентябре 1211 года германские князья провозгласили императором Фридриха. В борьбе с Оттоном IV он опирался на поддержку Франции. В 1214 году Оттон был разбит в битве при Бувине и фактически потерял власть.
В апреле 1220 года девятилетний сын Фридриха, Генрих VII, был провозглашен императором Священной Римской империи, однако Фридрих резко выступил против, и папа Гонорий III короновал Фридриха императорской короной 22 ноября 1220 года в соборе Святого Петра в Риме. Между папой и императором начались серьёзные разногласия из-за того, что папа, начавший подготовку V Крестового похода, провозгласил королем Константинополя не Фридриха, а Пьера де Куртенэ.
Также недовольство у Папы вызвало то, что под патронажем Фридриха был создан Неаполитанский университет — первое высшее учебное заведение в Италии и Европе, которое преподавало без папской буллы (ныне университет носит его имя).