В обновленной структуре правительства Кыргызстана всего 23 государственных органа: 7 агентств (в действующей структуре - 5), 8 служб (9), 2 инспекции, 3 фонда и т.д.
Министерства и госкомитеты:
- Министерство иностранных дел
- Министерство сельского хозяйства и мелиорации
- Министерство финансов
- Министерство транспорта и коммуникаций
- Министерство юстиции
- Министерство здравоохранения
- Министерство обороны
- Министерство образования и науки
- Министерство внутренних дел
- Министерство культуры, туризма и информации
- Министерство чрезвычайных ситуаций
- Министерство социального развития
- Министерство энергетики и промышленности
- Министерство труда, миграции и молодежи
- Министерство экономики
- Государственный комитет национальной безопасности
Государственные агентства:
- Государственное агентство антимонопольного регулирования
- Государственное агентство охраны окружающей среды и лесного хозяйства
- Государственное агентство по строительству и жилищно-коммунальному хозяйству
- Государственное агентство связи
- Государственное агентство по МСУ и по межэтническим отношения
- Государственное агентство по геологии и минеральным ресурсам
- Государственное агентство физкультуры и спорта
Государственные службы:
- Государственная служба исполнения наказаний
- Государственная служба по борьбе с экономическими преступлениями (в проекте нет, однако вице-премьер-министр Т.Сарпашев сказал, что по вопросу ГСБЭП существует два плана)
- Государственная налоговая служба
- Государственная служба финансовой разведки
- Государственная таможенная служба
- Государственная служба интеллектуальной собственности и инноваций
- Государственная служба регулирования и надзора за финансовым рынком
- Государственная служба по контролю наркотиков
- Государственная регистрационная служба
Фонды:
- Фонд государственных материальных резервов
- Фонд по управлению государственным имуществом
- Фонд обязательного медицинского страхования
Инспекции:
- Государственная инспекция по экологической и технической безопасности
- Государственная инспекция по ветеринарной и фитосанитарной безопасности
- Высшая аттестационная комиссия
- Социальный фонд
Так, функции в сфере санитарно-эпидемиологического надзора перейдут Министерству здравоохранения. Функции в сфере политики регионального развития - Министерству экономики, а функции в сфере развития МСУ - Государственному агентству по делам МСУ и межэтнических отношений.
Из ГСБЭП предлагается создать Финансовую полицию при Государственной налоговой службе, а функции по реализации антимонопольного законодательства (за исключением разработки политики Министерства экономики) планируется передать Государственному агентству по антимонопольному регулированию.